กองกำลังปริศนาที่เรียกตนเองว่า มิธริล (Mithril) ได้เข้าแทรกแซงสงครามและการก่อการร้ายทั่วโลก เพื่อความสงบสุขและใช้เทคโนโลยีที่ล้ำสมัยกว่า มีการบริหารโดยคนที่มีความสามารถที่เรียกว่า Whispered (ウィスパード) ที่มีพรสวรรค์และความรู้ในด้านเครื่องจักรกลดีกว่าคนทั่วไป ซาการะ โซสึเกะ พลทหารวัย 17 ปี ได้รับภารกิจให้ไปปกป้อง คานาเมะ จิโดริ นักเรียนมัธยมปลายหญิงที่มีคุณสมบัติของ Whispered ที่อาจตกเป็นเป้าของการก่อการร้าย โดยไม่ให้เธอรู้ตัว อย่างไรก็ตาม โซสึเกะ ที่โตมาจากสงครามตั้งแต่เด็กก่อนได้รับการช่วยเหลือจากมิธริล ทำให้ใช้ชีวิตในรั้วโรงเรียนทีมีความสงบสุขไม่ค่อยเป็นนัก